בנוסף למיקרוסקופים ומנות פטרי, מחשבים הם כלי חשוב למיקרוביולוגים. תוכנה למחקר מיקרוביולוגיה כוללת כלים המשמשים דיסציפלינות מדעיות והנדסיות אחרות וכן יישומים מיוחדים לחקר חיידקים ומיקרואורגניזמים אחרים. יישומים רבים שפותחו על ידי סוכנויות ממשלתיות, קרנות ללא כוונת רווח או חוקרים אקדמיים זמינים כתוכנה חינמית להורדה ושימוש כנדרש לניסוי או למעבדה שלך.
כלים להדמיה
תמונה פיזית או נפשית של הנתונים הגולמיים שאתה אוסף עשויה לעזור לך להבין טוב יותר את איכותם, משמעותו והשלכותיו. תוכנת הדמיית נתונים פתוחים ומסחריים זמינה באופן נרחב למחקר מיקרוביולוגיה צור תרשימים וגרפים של הנתונים שלך באמצעות LibreOffice Calc, Excel של מיקרוסופט או מערכת הדמיית הנתונים של Mondrian. יישומי Cell-O ו- RasMol עוזרים לך ליצור מודלים דו-ממדיים ותלת-ממדיים של מולקולות בעלות משמעות ביולוגית כמו חלבונים וחומצות אמינו.
מידול מתמטי
אוספים גדולים של נתוני מיקרוביולוגיה לעיתים קרובות מניבים מידע משמעותי יותר לאחר ניתוחם המספרי. חבילות תוכנה MATLAB, Octave ו- SciPy המבצעות חידוד, ניתוח ומידול מתמטי של נתוני מדענים. השתמש בחבילות אלה כדי לבצע הערכת פרמטרים באמצעות התאמת עקומות, חיזויים אפידמיולוגיים, סימולציות של צמיחת חיידקים ורעש נתונים או חיסול אפקט סטוכסטי. יישום זה מבצע גם חישובים סטטיסטיים, כמו ניתוח שונות או מבחני ריבועי צ'י.
גנום ביואינפורמטיקה
יישומי תוכנה למיקרוביולוגיה גם עוזרים לך להמחיש ולכרות מידע מתוך רצף חומצות הגרעין המרכיבות את ה- DNA של מיקרו-אורגניזם. הקרן הפתוחה לביואינפורמטיקה מספקת יישומי רצף וניתוח ניתוח קוד פתוח בחינם כמו BioJava ו- Biopython המוציאים נתונים מבנקי מידע על הגנום, מנתחים את קוד ה- DNA של האורגניזם ומשווים אותו לדגימות DNA אחרות. חבילות ניתוח גנום נוספות כוללות הבלטה, HMMER, אומגה קלוסטלית, חבילת היסק פילוגני, או PHYLIP, וחבילת מניפולציה של רצף, או SMS.
תוכנת עזר
הקצב המהיר של הגילוי המדעי במיקרוביולוגיה ושינוי התקנות הממשלתיות מחייב כי למיקרוביולוגים תהיה גישה מוכנה למידע המשפיע על עבודתם. HUGO היא חבילת תוכנה מסחרית המספקת למיקרוביולוגים מידע עדכני על כלים, כימיקלים, ציוד, אמצעי תרבות, דרישות בטיחות, אורגניזמים חדשים, שינויים טקסונומיים ואנטיביוטיקה. בנוסף, מיקרוביולוגים העובדים במדעי המזון יכולים להשתמש ביישום האינטרנט דפדפן ComBase כדי לגשת לנתונים המיקרוביולוגיים הקשורים למזון המסופקים על ידי סוכנויות ממשלתיות בבריטניה, אוסטרליה וארצות הברית.
